南京市聾人學校前身系南京市盲啞學校，創立于1927年10月3日，校址設在南京城南船板巷，設盲、啞兩科。

1937年學校西遷。
1938年8月在重慶江北縣劉家臺復課，后因日軍轟炸乃遷江津。
1942年1月改隸教育部，稱教育部特設盲啞學校。

抗戰勝利后，1946年7月，校遷回南京，校址勘定剪子巷17號。
1942年7月，教育部將學校交還南京市，校名恢復為南京市立盲啞
學校。

1949年，南京解放，學校由人民政府接管，規模不斷壯大，擴建四十九號為啞科。
1980年8月，在南京市御道街32號新建校舍。

1981年8月，南京市盲啞學校分為南京市聾啞學校和南京市盲童學校，南京市聾啞學校遷入新址。
1992年9月，開設聾人普通高中班。

1995年6月，增掛“南京市聾人高級中學”校牌。
2000年11月，學校更名為南京市聾人學校